Bij de manuele neurotherapie wordt er op het lichaam gewerkt en kan onderverdeeld worden in drie hoofdgroepen.De verschillende gebieden worden bewerkt door middel van lichte druk en ritmische beweging. (géén manipulatie dus) Deze gebieden zijn:
Een verstoring in het gebied rond de wervelkolom zorgt automatisch voor een verstoring in de organen en omgekeerd. Of een verkrampt diafragma kan zowel in het gebied rond de wervelkolom als in de organen een verstoring veroorzaken. Structuren zoals bloedvaten, lymfebanen, zenuwen en zelfs bv. de schedelbotten hebben invloed op het functioneren van het gehele lichaam en het kunnen ontstaan van klachten.